パン屋M&Aの税務と費用構造｜譲渡価格・手数料・税金のすべて

はじめに…「契約書の金額＝手取り」ではありません。

「提示された譲渡価格がそのまま自分の手取りになる」と考えていませんか？

実際には、仲介報酬・税金・専門家費用・在庫精算などの“見えない支出”が重なり、手元に残る金額は想定より2〜3割減るケースが多いのです。

この差を理解しないまま進めると、「契約は成立したけれど、残った資金で次の事業ができない」「税金の支払いで資金がショートした」といったトラブルが起こりがちです。

私たちの現場では、“数字の誤解”が原因で後悔するオーナー様が少なくありません。

契約金額はあくまで「額面」であり、そこからどんなコストが引かれ、最終的に手元にいくら残るのかを最初に知ることが重要です。

この記事では「費用の地図」を一緒に描くつもりで読んでみてください。読み終えるころには、どこで支出が生まれ、どうコントロールすればよいかが明確になるでしょう。

費用の全体像（マップ化）

パン屋のM&Aでは、「見える費用」と「見えない費用」があります。

譲渡対価だけを見て判断すると、実際の利益や手残りが分かりません。

主な費用項目：

• 譲渡対価（設備・造作・棚卸・のれん など）
• 税金（所得税・住民税・法人税・消費税 など）
• 仲介・アドバイザー費用（着手金・成功報酬）
• 専門家費用（税理士・司法書士・弁護士）
• その他精算費（敷金・在庫・リース契約など）

私がアドバイスする際、最初にお願いするのは「費用一覧表を作ること」です。

たとえば「成功報酬は譲渡価格の何％」「税金は概算いくら」「専門家費用はいつ払う」と、すべての支出をタイミング別に可視化します。

この“費用マップ”を最初に描いておくと、後で「思っていたより残らない」という落とし穴を確実に避けられます。

費用を“知る”ことは、交渉力を高める第一歩でもあります。

スキーム別の税務ポイント（事業譲渡／株式譲渡）

事業譲渡（店舗・設備などを個別に売る場合）

事業譲渡は、「店舗」「設備」「在庫」などを個別に評価して売買する形式です。

課税関係が複雑で、消費税の有無や所得区分が資産ごとに異なります。

• 設備・棚卸・のれんなど：課税対象
• 土地：非課税
• 個人の場合、機械や内装の売却益は「事業所得」側で処理
• 法人の場合、譲渡益は「益金算入（法人税課税）」

個人オーナーの方は、土地・建物（譲渡所得）と設備（事業所得）を混同しがちです。

この区分を誤ると、税務署から「所得区分の訂正」を求められることも。

契約前に、税理士と「資産リスト」に税区分をつけて確認しておくと確実です。

実際、私はこの工程を契約前に行うことで、後の修正申告を避けられたケースを数多く見ています。

株式譲渡（会社ごと譲る場合）

法人をそのまま譲る方式です。

契約関係や許認可が引き継ぎやすく、近年はこのスキームを採るケースが増えています。

• 株式の譲渡益は申告分離課税（約20.315%）
  税率は現行水準（復興特別所得税含む）での目安です。最新は一次情報をご確認ください。
• 消費税は非課税
• 許認可や契約がスムーズに承継できるのが特徴

株式譲渡は一見シンプルですが、株主構成・簿外債務・役員貸付金などの整理が肝心です。

特に、過去の会計処理や貸付残高をそのままにして譲渡すると、後でトラブルになります。

税務上の“清算ライン”を明確にし、「譲渡益」と「会社の利益」を混ぜないよう注意してください。

契約書に「課税区分」と「売却益の対象」を明記しておくことが、安心の第一歩です。

消費税の扱い（課税・非課税の線引き）

パン屋の譲渡では、消費税の取り扱いが非常に重要です。

次の原則を押さえましょう。

• 課税対象：機械、内装、のれん（営業権）、棚卸、設備など
• 非課税：土地、株式
• 建物：原則課税対象

「のれん（営業権）」も課税対象になることを見落としがちです。

契約書に「税込／税抜」を明記せずに進めると、のちに消費税の追徴を受けるケースがあります。

M&A契約書は“価格交渉”の書類ではなく、“税務リスクの回避装置”でもあります。

1行の記載ミスが、何十万円の税負担差につながることを覚えておきましょう。

無形資産（のれん等）の課税取扱いは契約文言に依存するため、資産明細・税込／税抜の表記を税理士と事前合意しておくと安全です。

仲介・アドバイザー費用の構造と相場感

仲介報酬は、多くのオーナーが見落としがちな「実質コスト」です。

成功報酬の計算式や、対象範囲（負債を含むか否か）を確認しておきましょう。

一般的な費用構造：

• 着手金（0〜30万円前後）
• 中間金（基本合意時／固定額）
• 成功報酬（レーマン方式など／段階料5〜3％）

成功報酬が「譲渡金額の税込みか税抜きか」で争いになるケースは非常に多いです。

契約前に「報酬算定の基準金額」と「課税区分」を明文化しましょう。

また、“安い仲介手数料＝良い支援”ではありません。

成功報酬が低くても、PMI（統合支援）が付いていないケースでは、結果的に高くつくこともあります。

逆に“高い仲介手数料=良い支援”でもありません。

仲介手数料を、売り手・買い手のどちらから取っているのかで、立場ごとの仲介手数料は変わります。

手数料で判断せず、最後まで伴走するタイプのアドバイザーかどうかを、しっかり確認しておきましょう。

モデル試算（“手取り額”を知る）

数字で見ると、どのくらいの差が出るのかをイメージしましょう。

以下は概算イメージです。個別の取得費・税率・住民税等で結果は変動します。詳細は専門家にご確認ください。

上記はあくまでも例ではありますが、「いくらで売れるか」ではなく、「いくら残るか」を基準に交渉するのが成功のコツです。

手取りシミュレーションを最初にしておけば、価格交渉でも冷静に判断できます。

多くのオーナーがこの一歩を怠り、「契約後に思っていたより残らない」と後悔しています。

数字を先に見ることで、感情に左右されないM&Aができます。

よくある落とし穴と対策

よくある落とし穴があります。

意外と抜け落ちてしまうポイントであったりするので、確認してください。

• 税込・税抜を混同
• 消費税の課税資産を契約書で明示せず追徴課税
• 在庫・敷金などの精算漏れ
• 節税だけに目を向け、承継後の経営に歪み

節税策を検討するのは大切ですが、「節税と経営を分けて考える」ことが肝心です。

一時的な税軽減を優先しすぎて、結果的に買い手の信頼を損ねたケースもあります。

“うまく売る”よりも、“うまく引き継ぐ”ほうが長期的に得をします。

そのためにも、税理士とM&Aアドバイザーが同じテーブルで話す体制をつくりましょう。

チェックリスト（税務・費用の事前準備）

ここで事前準備用のチェックリストをお伝えしておきます。

• 契約書に「税込／税抜」「課税／非課税」を明記
• 成功報酬の計算根拠を確認
• 資産明細を作り、税区分を明確化
• 取得費・償却資産台帳を整理
• 消費税・所得税の支払タイミングを資金繰り表に反映

これをExcel1枚で見える化するだけで、ほぼ全ての税務トラブルを防げます。

書類の整備は税理士任せにせず、「自分の理解のために」作るのがポイント。

数字の意味を理解している経営者ほど、交渉時に強い立場に立てます。

まとめ：“いくらで売れるか”より“いくら残るか”

パン屋のM&Aで最も大切なのは、「売却価格」よりも“手元にいくら残るのか”という現実的な視点です。

金額の大きさだけを追いかけると、見えないコストに気づかないまま契約を進めてしまい、結果として「想定よりも少ない資金しか残らなかった」という事態に陥ることがあります。

一方で、費用の構造を理解し、税金・手数料・精算費用を含めた“全体像”を設計できる経営者は、M&Aを次のチャンスに変えられる人です。

数字を「怖いもの」ではなく、「未来を守る道具」として扱うこと。それが経営者としての最後の仕事かもしれません。

まず、構造を把握することから始めよう

M&Aには、価格・費用・税金・時間という4つの軸があります。

どの軸をどこまでコントロールできるかで、結果が大きく変わります。

• 価格だけを見ると“売った”で終わる。
• 費用構造まで理解すれば、“残せる”につながる。
• 税金の仕組みを押さえれば、“守れる”に変わる。
• 時間軸を意識すれば、“次へ進める”になる。

つまり、「構造」を理解するというのは、単にお金の話ではなく、自分の人生設計そのものを見直すことなのです。

そして、「手取り」を基準に考える

数字を追うときは、手取りベースで考える癖をつけてください。

たとえば「3,000万円で譲渡したけれど、最終的な手取りは2,300万円」、この差額700万円は、税金や手数料といった“構造上の費用”です。

事前にこれを理解していれば、交渉時に焦ることもなく、「この条件なら、最終手残りは十分に安全」と判断できるようになります。

多くの経営者が「売ったあとの数字」で後悔しますが、本来は「売る前に試算しておくべき数字」なのです。

BakeryBizでは、そうした“手取りシミュレーション”を重視しています。

数字を先に見える化することで、感情や勢いに流されない判断軸を一緒に作り上げます。

一時的な節税より、「信頼される引き継ぎ」を

節税やコスト削減は大切ですが、最優先すべきは「引き継ぐ側への誠実さ」です。

数字の小さなズレや税処理の曖昧さが、買い手との信頼関係を壊すこともあります。

“きれいに引き継ぐ”ことは、最終的に自分を守ることでもある。

譲渡は終わりではなく、あなたの店が次の世代に続いていくための“バトン渡し”です。

契約書の一行一行にも、その想いを込めてください。

M&Aは、「終わりの手続き」ではなく、「新しいはじまりの設計」です。

これまで積み上げた年月と情熱を、次の誰かにつなぐための“経営の卒業式”でもあります。

だからこそ、焦らず、知り、考える時間を持ってほしい。

税金も費用も、正しく理解すれば怖いものではありません。

すべての数字には“意味”があり、その意味を知ることで、次の人生の自由度が変わります。

BakeryBizは、そんな経営者の「最後の一歩」を、数字と信頼の両面から支えたいと考えています。

あなたの店の価値が、次の人の未来を照らすように。

その橋渡しを、一緒にデザインしていきましょう。

参考情報

• 国税庁「税の情報を調べる」
• 中小企業庁「中小M&Aガイドライン」
• J-Net21「起業・経営の税・資金」

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監修・執筆：BakeryBiz編集部
※本記事は公開情報と筆者の実務経験に基づき執筆しています。統計値は出典の算出方法・時点により変動します。
※本記事は一般的情報提供を目的としています。実際の契約・制度は最新の一次情報をご確認ください。